La Biblioteca del Centro cuenta con unos 30 mil volúmenes. Los fondos contienen obras en varios idiomas, a menudo, de un valor único. La Biblioteca está dividida en las siguientes secciones:
- El Lectorium comprende diccionarios, enciclopedias, estudios históricos, literarios, filosóficos y de carácter general; publicaciones de la Santa Sede que contienen documentos del magisterio de la Iglesia.
- La colección papal contiene todas las obras filosóficas, teológicas y literarias de Karol Wojtyła, escritas antes de 1978 y libros que documentan el magisterio y la obra de Juan Pablo II; al igual que otras publicaciones referentes a la historia de su Pontificado. Es la sección más amplia de la Biblioteca.
- Las disertaciones, científicas sobre el magisterio de Juan Pablo II, provenientes de numerosos y diversos medios académicos del mundo.
- Los libros dedicados forman una colección de varios miles de volúmenes de diferentes temas que fueron donados o dedicados a Juan Pablo II.
- La hemeroteca comprende la colección de periódicos y revistas del Centro que proceden de publicaciones especializadas y académicas de todo el mundo.
- Documentación artículos de prensa tanto polaca e italiana como mundial.
El programa electrónico ProCite permite consultar periódicos y revistas. Los fondos de la Biblioteca están también disponibles en la sala de lectura del Centro. Hay servicio de fotocopiadora.