La bibliothèque compte près de 30 mille de volumes, parmi lesquels des exemplaires rares en plusieurs langues. La bibliothèque est divisée en secteurs:
- La salle de lecture avec : dictionnaires, encyclopédies, élaborations historiques, littéraires ou philosophiques, publications du Saint-Siège avec des documents de Magistère de l’Eglise.
- La bibliothèque du pape contient toutes les œuvres philosophiques, théologiques et littéraires écrites par Karol Wojtyła avant 1978, des publications qui documentent l’activité et l’enseignement de Jean Paul II ainsi que d’autres publications sur l’histoire du pontificat. C’est le secteur le plus vaste de la bibliothèque.
- Les dissertations scientifiques sur l’enseignement de Jean Paul II, provenant de différents milieux universitaires du monde.
- Les livres dédicacés sreprésentent un recueil de plusieurs de milliers de volumes sur les différents thèmes, offerts ou dédicacés à Jean Paul II.
- Les magazines – un recueil de périodiques collectionnés par le Centre ainsi que de publications de magazines spécialisés du monde entier.
- Les documents de presse polonaise, italienne et mondiale.
Le programme électronique ProCite permet de consulter les Magazines et les Documents de presse. La salle de lecture du Centre permet de consulter le recueil de la bibliothèque sur place. Il est possible de faire des photocopies sur place.