Le risorse bibliotecarie contengono voci in varie lingue, molto spesso di valore unico. La Biblioteca è suddivisa nelle sezioni seguenti:
- Il Lectorium, che comprende dizionari, enciclopedie, studi storici, letterari e filosofici di carattere generico, come pure pubblicazioni della Santa Sede contenenti i documenti del Magistero della Chiesa.
- La Collezione Papale, che comprende le opere filosofiche, teologiche e letterarie di Karol Wojtyla scritte prima del 1978 ed i libri che documentano il magistero e l’opera di Giovanni Paolo II, nonché altre pubblicazioni che si rifanno alla storia del Pontificato. È la sezione più ampia della biblioteca.
- Le Dissertazioni Scientifiche riguardano il magistero di Giovanni Paolo II e provengono da numerosi e svariati ambienti accademici del mondo.
- I Libri Dedicati costituiscono una raccolta di molte migliaia di volumi, inerenti varie tematiche, che furono donati o dedicati a Giovanni Paolo II.
- I Periodici, comprendono una serie di articoli collezionati dal Centro, provenienti da riviste specializzate e pubblicazioni accademiche da tutto il mondo. Vi sono inoltre gli Articoli che comprendono una serie di estratti provenienti dalla stampa polacca, dalla stampa italiana e da quella mondiale.
Con il programma elettronico ProCite è possibile consultare periodici e gli articoli. E’ inoltre possibile consultare il materiale contenuto nella Biblioteca presso la annessa sala di lettura.
Sul posto sono disponibili fotocopiatrice e scanner.