Medalierstwo jako dział sztuk plastycznych, oprócz wartości artystycznych, posiada walory poznawcze. Często edycja medali wiąże się z jakimś ważnym wydarzeniem lub szczególnie zasłużoną w dziejach postacią. Medale stanowią cenny dokument historyczny.
Zgromadzone w Ośrodku medale są częściowo darami składanymi Ojcu Świętemu. Ich kolekcja stale uzupełniano drogą wymiany lub zakupu. Zbiór numizmatyczny liczy ok. 3-4 tys. medali. Niektóre poniżej prezentowane:
- Medale wydawane przez Mennicę Watykańską z okazji kolejnych rocznic pontyfikatu Jana Pawła II, projektowane przez słynnych medalierów, często wyłaniane drogą konkursów. W 18. rocznicę pontyfikatu i przypadający wtedy złoty jubileusz kapłaństwa Ojca Świętego upamiętniono medalem zaprojektowanym przez Polaka prof. Czesława Dźwigaja.
- Medale Józefa Stasińskiego – w bogatej twórczości artysty znalazły swój wyraz wydarzenia związane z pontyfikatem polskiego Papieża. Jak sam napisał w liście do Ojca Świętego: „Z pietyzmu dla Waszej Świątobliwości wydaję co roku medal upamiętniający kolejny rok pontyfikatu”.
- Pielgrzymki papieskie – specjalna grupa medali dokumentujących wizyty Ojca Świętego w Polsce i we Włoszech oraz podróże do wielu innych krajów na całym świecie.