W 1981 r., w nawiązaniu do przypadającej dwa lata wcześniej setnej rocznicy urodzin Alberta Einsteina, Jan Paweł II powołał do życia Papieską Komisję, której celem miało być naukowe zbadanie sprawy Galileusza. Owocem prac komisji jest kilka opublikowanych tomów. 31. 10.1992 r. kardynałowie, korpus dyplomatyczny i członkowie Papieskiej Akademii Nauk zebrali się w Sala Regia Pałacu Apostolskiego, by wysłuchać oficjalnego przemówienia papieskiego na ten temat. Nazajutrz po tym wydarzeniu słyszałem komentarz włoskiego Radia: „Polak Kopernik rozpoczął całą sprawę – Polak Papież ją zamknął”. Czy sprawę kontrowersji pomiędzy kosmologią Ptolemeusza a kosmologią Kopernika, której ofiarą stał się Galileo Galilei, istotnie można uważać za zamkniętą? Z pewnością historycy nauki, filozofowie i teologowie będą do niej jeszcze wielokrotnie powracać. Historii nie da się cofnąć, ani odstawić na półkę „spraw załatwionych”. I nie to było intencją Papieża. Chodziło o to, by publicznie przyznać, czyniąc tym samym zadość samemu Galileuszowi, że popełniono błąd – błąd polegający na wykroczeniu poza kompetencje: Kościół nie ma prawa wyrokować w sprawach naukowych.
W wypowiedzi Papieża wyraźnie można wyczytać jeszcze drugą intencję: z historii trzeba wyciągać wnioski, a więc nie można dopuścić do podobnych konfliktów w przyszłości. Teologia i nauki empiryczne należą wprawdzie do zupełnie odrębnych dziedzin poznania, ale wzajemnie na siebie . Niebezpieczeństwo krótkich spięć zawsze istnieje. (…) Rozumienie metod, jakimi posługują się nauki empiryczne i nauki teologiczne, poczyniło znaczne postępy i pomylenie kompetencji jest dziś znacznie trudniejsze niż dawniej. (…) Pozostaje jednak nadal groźny problem różnicy mentalności. Ludzie Kościoła i ludzie nauki myślą dziś bardzo odmiennymi kategoriami. Co więcej, odmienności te wydają się raczej pogłębiać niż niwelować. Sądzę, że należałoby z tego punktu widzenia głęboko przemyśleć programy nauczania w seminariach duchownych i na uniwersytetach kościelnych.
Do przemówienia papieskiego trzeba będzie jeszcze wielokrotnie powracać; tu chciałbym nawiązać jeszcze do jednej tylko myśli, rzuconej pod koniec przez Ojca Świętego. Kto ostatecznie miał rację: Ptolemeusz czy Kopernik? Za czasów Galileusza wydawało się, że oba systemy wykluczają się wzajemnie i że spór może być rozstrzygnięty tylko „tak” lub „nie”. Ale dziś, gdy teoria względności Alberta Einsteina stała się jedną z najważniejszych teorii współczesnej fizyki, całą kontrowersję widzimy w zupełnie innym świetle. Z teoretycznego punktu widzenia wszystkie układy odniesienia są jednakowo uprawnione i jest rzeczą zupełnie obojętną, czy układ odniesienia zwiążemy z Ziemią (układ typu Ptolemeusza), czy ze Słońcem (układ typu Kopernika). Jedynie względy praktyczne mogą skłonić do wyboru układu odniesienia bardziej odpowiadającego specyfice danego zagadnienia. Nie znaczy to, że zarówno Galileusz, jak i jego przeciwnicy jednakowo mieli rację lub jednakowo jej nie mieli. Nie można mieć żadnych wątpliwości: dzieło Galileusza stanowiło milowy krok naprzód w rozwoju nauki i za to dzieło Galileusz niesłusznie cierpiał. Ale nauka rozwija się przez roztaczanie coraz szerszych perspektyw, a nowe perspektywy często sprawiają, że dawne spory stają się bezprzedmiotowe.
(…) Nawet jeżeli sprawa Galileusza została w jakimś sensie zamknięta, dialog między teologią a naukami empirycznymi będzie trwać nadal.
Por. M. Heller, Stare kontrowersje w nowej perspektywie: od sprawy Galileusza do ewolucji mózgu, „L’Osservatore Romano” wyd. pol. 1(1993), s. 29.